Les Ninjas sont les ennemis les plus fréquemment rencontrés dans Muramasa. Ils apparaissent avec l'image que l'on a d'eux traditionnellement, c'est à dire des guerriers furtifs, agiles et rapides, habillés en tenue sombre, dissimulant leur visage sous une cagoule de la même couleur, et capables d'utiliser diverses techniques de combat
Ces techniques, que l'on nomme Ninjutsu, comprennent des techniques de combat au sabre (Ninjatō), le lancer de shuriken, l'utilisation d'explosifs, de fumées pour aveugler l'adversaire ou se camoufler, ou bien encore des techniques de prestidigitation afin de se dédoubler ou se téléporter, rendant leur style inimitable et aisément reconnaissable.